您好，
您是将Windows分区克隆到什么地方呢？ 
如果克隆到其他磁盘，应该是不会对原磁盘有影响。
关于EXT4分区显示为未分配空间问题，确实是一个BUG，在GPT磁盘上，分区助手确实会出现不能识别EXT4的问题。

我是将另一个磁盘的分区克隆覆盖了我的windows系统中的一个分区，我现在比较担心的是因为分区助手把ex4显示为未分配，所以复制的过程中把这个分区实质删除了。我现在用diskinternals linux reader这款软件，显示的那个空间为unallocated

如何是使用系统克隆的方式的话，那个很大可能是引导问题。
关于Linux分区被删，可以试试 testdisk软件看能否找回。